eMule identifica i files in modo univoco nel network tramite il FILEHASH che il programma stesso assegna al file non appena questo è posto dall'utente in condivisione.

Questo permette al network di riconoscere con certezza l'identità di un file. Anche perchè questo NON dipende nella maniera più assoluta dal nome del file, ma dalle sue dimensioni e contenuto. Con questi presupposti, la possibilità che esistano nel network due file con identico hash è praticamente nulla (se non tecnicamente e matematicamente, statisticamente e praticamente lo è).

E' possibile leggere il filehash dei propri files nella finestra File Condivisi di eMule, alla colonna ID File.

Non appena eMule si collega ad un server, invia a questo la lista degli hash condivisi dall'utente. I client che effettuano le ricerche chiedono al server quali utenti abbiano un certo hash di file richiesto, una volta identificato l'utente interessato, il lavoro dei server finisce e i clients cominciano a comunicare direttamente.

Per questo si dice spesso che i server sono dei semplici elenchi telefonici. Nessun file passa dai server e i client scaricano da altri client.